Dans le cas des agents intercommunaux, la part de traitement indiciaire qui rémunère le temps de travail au-delà des 35 heures hebdomadaires et qui n’est pas soumise à cotisations auprès du régime principal est-elle soumise à cotisations au RAFP ?

Oui

Lorsqu’un agent intercommunal effectue plus de 35h de travail par semaine, le supplément de traitement brut indiciaire n’est pas pris en compte pour les cotisations au régime de la CNRACL. Il peut donc être soumis à cotisations RAFP dans la mesure où le plafond des 20 % n’est pas atteint.